Hòn đảo có nhiều tên gọi, quốc tế gọi là Borneo phỏng theo tên Brunei, bắt nguồn từ việc người châu Âu tiếp xúc với vương quốc này trong thế kỷ XVI. Tên gọi Brunei có thể bắt nguồn từ váruṇa (वरुण) trong tiếng Phạn, nghĩa là "nước" hoặc thần mưa Varuna của Ấn Độ giáo. Người Indonesia bản địa gọi đảo là Kalimantan, bắt nguồn từ Kalamanthana trong tiếng Phạn, nghĩa là "đảo tiết trời nóng bỏng" (mô tả thời tiết nhiệt đới nóng ẩm tại đây).[2]

Trong lịch sử, đảo còn có các tên gọi khác. Năm 977, các thư tịch Trung Hoa bắt đầu sử dụng thuật ngữ Po-ni (渤泥, Bột Nê) để chỉ Borneo. Năm 1225, một quan viên Nhà Tống là Triệu Nhữ Quách (趙汝适) cũng đề cập đến tên gọi này.[3] Văn bản tiếng Java Nagarakretagama do nhà thơ Mpu Prapanca phục vụ trong triều đình Majapahit viết vào năm 1365, đảo được gọi là Nusa Tanjungnagara, nghĩa là đảo của Vương quốc Tanjungpura.[4]